Könnte ich dann einfach irgendwo sagen, dass er bitte schön die 731 zuvor heruntergeladenen Pakete einfach nochmal installieren soll, damit ich dann schnell wieder auf dem gleichen Stand bin?
Das ist das, was ich mit "größtenteils automatisieren" meinte - ein Paketmanager generiert und exportiert dir natürlich liebend gerne ein Übersicht, was installiert ist bzw. was du manuell installiert hast. Distributionsübergreifend funktioniert das aber nur, wenn beide Distributionen die gleiche Bezeichnung für alle betroffenen Pakete verwenden und vor allem auch die gleichen Versionen in ihren Repositories haben - speziell von zusätzlich benötigten Bibliotheken u.ä.
In 99% der Fälle haut das hin, aber manuelle Kontrolle braucht es trotzdem. Und bei deinen 4000 Anwendungen sprechen wir hier von 8000 Paketen (Bibliotheken, Zeichensätze...) - 1% davon wären dann 80 Problemfälle...