Evtl. ist nur das Datenkabel (also das Flachbandkabel) an der Floppy falsch herum angesteckt?
Oder es ist an dem Floppy Umbau irgendwas nicht ganz ok, z.b. die ID nicht auf DS0 statt DS1 gesetzt, oder das Ready und Diskchange nicht vertauscht, usw.?
Kann aber natürlich auch am Board des Amigas liegen. Da würde ich als erstes mal die beiden CIA Chips gegeneinander tauschen, und schaun ob sich dann am Verhalten der Floppy irgendwas ändert?