Das liegt eher daran, dass zwei Geräte am Bus hängen und das manche Schnellader nicht mögen.
Dran hängen tun die ja nach wie vor, also ist doch eher die Firmware im SD2IEC nicht sauber implementiert und reagiert auf Buszustände, an denen es besser still sein sollte...
Gegentest: ne zweite 1541 auf ID9 mit dran und schaun, ob der Fehler gleich bleibt.
Wenn das "lange drücken" nervt: nen mech. 4 pol. Schalter verbauen oder ne kleine Elektronik, die mittels Analog-Switches wie den 4066 oder 405x mit einfachem mech. Schalter als Ansteuerung dann sämtliche Pins ausser Masse vom IEC-Kabel auftrennen (Nachteil: externe Versorgung notwendig, idealerweise etwas höher als 5V...)
Wer Schaltbild braucht: PN