Nimm doch einfach die Platte vom -inzwischen ja scheinbar- funktionierenden 386er und richte die im Setup des 486ers mit GENAU den Parametern ein, die Du vom 386er Bios VOR Abklemmen der Platte Dir notierst.
Im Setup zuallererst "load failsafe values" oder ähnlich wählen, damit eventueller Datenmüll überschrieben wird (macht das Bios bei Checksummenfehler eigentlich selbst, aber sicher ist sicher...)
Dann bootest Du mit dieser HDD, DOS ist es egal, ob 386 oder 486 oder P-I, erst ab P-III oder hochgetakteten AMDs etc. wirds kritisch, aber bis 512MB RAM und ca. 350MHz Takt sollte jedes Mainboard pures Dos 6.22 oder 7.0x (von Win 9x) booten können.
Schnickschnack wie loadhigh div. Treiber oder Speichermanager (EMM386 etc) solltest Du Dir zuerst sparen, oder aber beim Laden übergehen (F8 wenn mich nicht alles täuscht)
Wenns dann geht, hast Du mit den Platten und/oder DOS-Einrichtung was falsch gemacht, wenn nicht:
Fehler an sich sieht nach für mich nach Problem mit shadowed oder cached VGA-Bios aus, oder viel zu schnelle Einstellung für den ISA-Takt gewählt oder VGA-Karte shit....
Das merkst Du dann, wenn Du von den "failsafe" values schrittweise wieder weggehst, z.b. das shadowing oder cachen der ROM-Bereiche über der 640K Grenze einrichtest oder dich mit den Waitstates für den ISA-Bus spielst, fast gate A20 und ähnlichen Schnickschnack...
edit: sehe grad, du hast so ein Primitiv-Award Bios: stelle mal memory hole von none auf 1MB (15-16MB), denn der ISA-Bus kann nicht mehr als das adressieren, aber DOS läuft ja im Real mode und sieht somit nur 1MB davon und das läge dann, was die ROMs anbelangt, ganz oben im Speicher. Wenn nun ein XMS-Treiber aber die ganzen 15MB als XMS konfiguriert, wäre das VGA-Bios eventuell nicht mehr sichtbar. Wenn die 1988er OAK drin ist, würde ich aber auch caching und shadowing abschalten (s.o.)