Du brauchst eine *NIX-Shell-Umgebung mit GNU make, ca65/ld65/ar65 (cc65-Suite), perl und zip im Pfad. (Linux und OS X haben solche Shells eingebaut, unter Windows brauchst Du dafür MinGW oder Cygwin.)
Dann gehst Du nach loader/src und gibst z.B. ein:
Es fällt in loader/build eine Datei namens loader-c64.zip heraus, welche loader.prg, install.prg und loadersymbols.inc enthält.
Die beiden PRG-Dateien inkludierst Du binär in Dein Projekt, die Symboldatei als Text in Deinen Quelltext, so dass Du "jsr loadraw" o.ä. aufrufen kannst.
Das Beispiel oben hat den Installer bei $1000, den Loader selbst bei $c000 und die Zeropage-Variablen bei $e0.
Wenn das alles so klappt, kannst Du Dir loader/include/config.inc anschauen und so zurechtbiegen, wie es Dir passt.
Wenn Du ohnehin schon ca65 nutzt, gibt es auch die Möglichkeit, direkt .o-Objektdateien zu bauen und in Dein Projekt zu inkludieren. Dafür gibt es das Make-Target lib. Es fällt dabei in loader/build das Archiv loader-c64.a heraus, welches Du per ld65 in Dein Projekt linken kannst, auf Quelltextebene wird loader/include/loader.inc für die Symbole inkludiert.