Das Bild von der Erweiterung lässt mich leider nicht die Chipbezeichnungen erkennen, aber ich gehe stark davon aus, daß das 256Kx4 sind, d. h. 4 Stück ergeben jeweils eine 16Bit Bank mit 512K, sprich 2MB gesamt.
Der Gary Adapter ist notwendig, um den RAM über 512K hinaus sichtbar zu machen. Den kannst du testweise auch einfach mal entfernen, dann sollten zumindest 512K eingeblendet werden.
Die Leitung an JP2 ist sehr wahrscheinlich dazu da, um 512K zusätzlich als Chip-RAM einzublenden, und dazu brauchts eben auch den geänderten Agnus. Die restlichen 1,5MB sollten sich dann bei 0xC00000 finden, das sog. Ranger-RAM, im Amiga auch als FAST-RAM angezeigt.
EDIT: Nach der Anleitung hier sollte das Rückgängigmachen kein Problem mehr sein, und es sind 1Mx1 Chips, sprich nur eine Bank mit 2MB, soll uns aber egal sein.