Ich nehme mal an, damit ist der Tastkopf gemeint. Ist das ein Standard-Oszi-Tastkopf? In Stellung 1:1 oder 10:1? Was ist da für eine Kapazität drauf angegeben?
Grundsätzlich verfälscht ja die Kapazität im Tastkopf das Timing (etwas). Aus irgendeinem Grund scheint deine Platine sehr empflndlich dagegen zu sein. Wenn du den VIC nicht schon getestet hättest, würde ich vielleicht auch auf einen VIC mit kaputtem Refresh-Verhalten tippen, aber den hattest du ja bereits kreuzgetauscht, nicht wahr?
Eventuell ist auf der Platine irgendwas, was auf einer der Datenleitungen eine Zusatzkapazität produziert. Sind da irgendwelche Lötrückstände o. ä. auf den Leiterbahnen oder an den Sockeln? Vielleicht nimmst du auch alles, was gesockelt ist raus und misst mal den Widerstand der Datenleitungen untereinander und gegen Vcc und GND, eventuell ist da irgendwo eine hochohmige Verbindung.
Jedenfalls sehr, sehr merkwürdig, das ganze ... 