Ist eigentlich kein Problem.
Du musst im Winuae mit einer WB3.1 booten vorher noch folgende Archive einbinden die Du Dir hier runterlädst:
HD Installer Bitte melde dich an, um diesen Link zu sehen.
und das PFS3 Bitte melde dich an, um diesen Link zu sehen.
Also von der WB3.1 booten dann den HD Installer starten und als Filesystem das PFS3 hinzufügen und die CF Partitionieren.
Hier eine YT Anleitung Bitte melde dich an, um diesen Link zu sehen. . Der beschreibt das ganz gut nur habe ich das PFS3 File System genommen.