Natürlich kannst Du nur den Bootloader flashen und danach die richtige Firmware via SD-Karte, mache ich auch immer so.
Für den Bootloader muss man etwas andere Fuse-Bits benutzten:
Low-Byte = EF
High-Byte = 92 <--
Extended-Byte = FD
Den Bootloader selber findest Du auf SD2IEC.de und zwar genau hier:
https://sd2iec.de/bootloader/newboot-0.4.1-binaries.zip
Du brauchst aus dem Zip-Archiv den für LarsP und Atmega1284