Eine gedrückte Taste ist ziemlich hochohmig, vor allem im fortgeschrittenen Alter. Die Teile haben immerhin 25 bis 35 Jahre auf dem Buckel! Möglicherweise sidn die Pull-Ups im AVR zu niederohmig und man bekommt den Port-Pin nicht weit genug runter gezogen für ein sicheres Low. Die CIA und VIA mit ihren NMOS-Pegeln und relativ schwachen Pull-Ups könnten da im Vorteil sein.
Die Pullupps bei dem Atmega sind im Datenblatt als 20k ... 50k ohm spezifiziert. Das sollte normalerweise reichen. Da diese Pullup sehr hoch sind kann allerdings die Anstiegsflanke etwas langsam/träge werden, daher könnte eine kleine Wartezeit vor dem auslesen nicht schaden (zb 50us).