Hat das Mainboard vielleicht zwei SATA Controller auf dem Board und du hast die HDD vielleicht an einem SATA Anschlusscontroller und das DVD an zweitem. Manche Controller werden nur nach installiertem Treiber erkannt.
Taucht die HDD denn bei den erweiterten Installationsmenu auf, in welchem man die HDD formatieren, patitionieren kann?
Btw welches Windows soll installiert werden?