Aber die 6502-Dokumentation hast Du gelesen, oder? Die sollte eigentlich schon die meisten Deiner Fragen beantworten, insbesondere wie Interrupts abgearbeitet werden. Bevor man einen Emulator schreibt, sollte man schon die grundlegenden Funktionen der CPU verstanden haben.
Am C64 läuft der Systemtimer über IRQ, und die Restore-Taste löst den NMI aus. Daher kann durchaus ein weiterer Interrupt auftreten, während schon einer abgearbeitet wird.