Naja, Antennenanschluß ist selbst für solche Konsolen, nicht der beste Anschluß. Kann mir nur vorstellen, daß dein Fernseher irgendwie die Syncronisierung verliert wenn das Megadrive auf einen bestimmten Modi schaltet.
Würde dir raten, für das Megadrive als auch für das S-Nes ein RGB-Kabel zu besorgen, dieses wird per Scart an den Fernseher angeschlossen, dann hast Du die beste Bildqualität.
Zu deinem Controller-Problem, kann es sein, daß Du 6-Button-Pads benutzt (A,B,C,X,Y und Z)?
Wenn ja, musst Du die bei manchen Spielen in den 3-Button-Modus schalten, soviel ich weiss muss man beim Einschalten der Konsole die Mode-Taste gedrückt halten.
Ansonsten hast Du eventuell einen Defekt.