Versuche, nach dem Schreiben einer Diskette diese wieder zurückzulesen, und dann vergleiche sie byteweise (unter Windows: fc /b GESCHRIEBEN.d64 GELESEN.d64, unter Linux diff GESCHRIEBEN.d64 GELESEN.d64). Stimmen sie überein? Es darf nicht ein einziges Unterschied zu finden sein.
Solltest du Unterschiede finden --> schicke mir die beiden Dateien, ich würde sie gerne etwas näher untersuchen.