Ich gehe ebenfalls von einem komplett dejustierten Laufwerk aus. Um wieviel Spuren es daneben liegt, könnte man erst mit einer Referenzdisk von einem anderen Laufwerk feststellen.
Dass das Lesen/Schreiben einzelner Files funktioniert, dürfte daran liegen, dass neue Files auf einer leeren Disk - ausgehend von der Verzeichnisspur 18 - abwechselnd auf höhere und niedrigere Spuren geschrieben werden. Zu Spur 1 käme man also erst, wenn die Disk schon ziemlich voll ist.
Beim Schreiben eines ganzen .d64-Image werden aber alle 35 regulären Spuren angefahren und da ist dann Schluss.
Zur Diagnose: Laufwerk an C64 anschließen, Disk formatieren, Fehlerkanal auslesen und anzeigen:
Alternativ eine vorhandene Disk nehmen und mit dem "u1"-Befehl prüfen, welche Spuren gelesen werden können. Wenn diese Dinge schon scheitern, kann man sich das Untersuchen von Zoomfloppy etc. sparen.