Es geht weniger um Jitter, als um das Problem, dass hin und wieder mal irgendeine Oberwelle erwischt wird, und der Farbträger komplett daneben liegt.
Moment, der Zähler hat mit dem Farbträger gar nichts zu tun. Die 4.43 MHz für den Farbträger erzeugt der VIC aus den direkt vom VCO mit dem Quarz abgegriffenen 17.xx MHz. Die PLL dient nur dazu aus diesem Takt den Pixeltakt und der VIC daraus den CPU-Takt zu erzeugen. Wenn der C64 kein farbiges Bild erzeugt kann das eigentlich nicht an der PLL liegen sondern nur an der Abstimmung des VCO an dem der Quarz hängt.