Der Netzteilstecker auf der Platine ist eher nicht das Problem, die jeweils 4 Leitungen für GND und +5V reichen aus. Das Problem ist die Verteilung vom Stecker auf der Platine zu den ganzen Teilen des Systems.
Also einfach auf der Unterseite am Stecker ein passendes Kabel (mindestens 0,75mm2) anlöten und zum ISA-Slot ziehen. Das sollte schon einen Unterschied machen.