Partitionieren hat zunächst nichts mit einem Filesystem (wie z.B. FAT32, NTFS, EXT2, usw.) zu tun. Da wird einfach nur die Festplatte in Partitionen eingeteilt. Die Partitionen müssen dann allerdings mit einem Filesystem formatiert werden, bevor sie benutzt werden können. Wahrscheinlich wurde das unter Linux irgendwie zusammen erledigt.
flowerking