Im Prinzip geht das so, und es wird auch nix abrauchen wenn Du den Strom auf 1...5 mA begrenzt. Wahrscheinlich bleibst Du sogar innerhalb der USB-Norm; etwas sicherer wäre es die LED an die Spannungsversorgung für die CF-Karte zu klemmen. Ich würde aber nicht drauf wetten daß das Ganze in allen Fällen (je nach Schaltung des Cardreaders, je nach gesteckter Karte) hundertpro funktioniert.
Eigentlich soll der USB-Port ja krzschlußfest sein, eigentlich sollte man davon ausgehen daß der Cardreader nach Initialisierung die ganze Zeit aktiv ist und die paar mA LED-Strom nix ausmachen... uneigentlich gibts aber den berühmten Satz mit der Apotheke und den Pferden, und bevor ich dir einen abgerauchten Rechner ersetzen muß, empfehle ich Dir lieber einen neuen Cardreader anzuschaffen.