Hucky, wenn ich das so lese dann glaube ich kommst Du um eine saubere Neuinstallation nicht herum. Das ist zwar einmal ein riesen Aufwand, dafür hast Du dann aber ein sauberes System zur Verfügung - und das ist ja wohl das wichtigste.
Alles andere ist gefrickel und führt immer wieder zu weiteren Problemen.
Tu Dir selbst einen Gefallen und bügel das System einmal komplett und setze es neu auf.