Kommandozeilenoptionen für Vice können in den Settings hinzugefügt werden. Um eine TSBneo.crt zu nutzen würde man einfach nur -cartcrt C:\pfad...\TSBneo_md.crt als "Emulator Args" setzen.
Zum Thema Groß/Kleinbuchstaben und anderen erweiterten Funktionen findest du viele Informationen im README:
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Und wenn du mal ein PRG zurück in BASIC wandeln möchtest, dann öffne einfach das PRG im Editor (das aktiviert den on-demand Disassembler und De-compiler). Testhalber kannst du einfach das automatisch generierte PRG im build-Verzeichnis nehmen.
PS. Und wenn dich noch andere Beispiele interessieren, dann findest du hier noch welche:
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