Wenn man weiß was man tut, dann ist Deaktivieren ok. Viele deaktivieren das und die Windows Updates aber, weil sie einfach keine Ahnung von der Materie haben. Die klicken dann auch jede Zertifikatswarnmeldung weg, bestätigen jeden UAC Dialog und motzen dann auf das scheiß Windows, weil es mal wieder verseucht ist.
Für die meisten User ist es sinnvoll, diese Warnungen aktiviert zu lassen. Wenn ein Download angemeckert wird, was selten vorkommt, kann man immernoch mit einem oder zwei Klicks den Download zulassen (Download behalten in Firefox).