Vielleicht koppelt da ungünstig etwas von einer Leitung auf eine andere ein und dann gibt es Probleme mit dem FPGA. In einem solchen Fall kommt man mit den Schaltplan jedoch nicht weiter und müsste sich das ganze mit Oszilloskop ansehen. Schaltregler geben oft eine weniger glatte Spannung von sich. Eventuell reagert der FPGA darauf.