Vielleicht ist deine Elektronik in dem externen Gehäuse nicht kompatibel zu dem Gotek, evtl. war da ein normales PC-Floppy-Laufwerk verbaut, die werden etwas anders angesteuert damit sie am Amiga funktionieren.
PS: Die beiden Leitungen sind für den Buzzer.
PPS: Das mit den Jumpern von S0 auf S1 muss man auch nicht immer machen, ich meine bei meinem externen Laufwerk musste der auf S0 bleiben.