Du bist aber nicht mit GO64 in den 64er Modus gegangen? Dann ist die Floppy noch im 1571 Modus.
Erst 1571 II einschalten.
Dann C=-Taste beim Starten des C128 gedrückt halten (dabei wird die 1571 in den 1541 Emulationsmodus geschaltet).
Wegen Misalignment: Wie viele 1541 bzw. 1571 Laufwerke hast du ausprobiert?