In das SilverStone SST-ML03B - Milo Micro passen normale (Grafik)karten nicht ohne weiteres rein - wenn ich das richtig sehe, ist es für low-profile Karten. Dann würden normale Grafikkarten nur mit einer zusätzlichen Riser-Karte passen.
Ich denke, mit dem PN40 wirst Du gut fahren als komplett System.
Falls Du Dir selber etwas zusammenstellen willst (und Zeit hast), dann guck Dir mal z.B: das Realan H80 Gehäuse bei aliexpress an, das ist für Mini-ITX geeignet und macht sich super auf dem Schreibtisch.