In ~/.config/... liegen - wie der Name bereits andeutet - Konfigurationsdateien.
ROMs gehören nach ~/.vice(/C64/C128...) wenn sie nur für den aktuellen Nutzer installiert werden sollen, bzw. nach /usr/lib/vice(/C64...) wenn sie allen Nutzern zugänglich sein sollen (oder auch nach /usr/local/lib/..., je nach Linux-Distribution).
Ist im Handbuch unnötig kompliziert erklärt, iMHO.