Ich hasse make auch. Deshalb verwende ich es nicht mehr. 
Es gibt andere Buildsysteme, und im allgemeinen funktionieren die besser als make. Es ist natürlich eine Umstellung, aber für mich war es das die Mühe wert.
Prince of Persia hab ich mit make gebaut. Damals hab ich mich durchgewurschtelt, aber danach hab ich das bereut.
Ab Canabalt und DkJr hab ich auf SCons umgestellt, auch wegen meiner Python Affinität. Vorerst nur für den Code, aber mit Sonic dann auch komplett für die Daten. Damit konnte ich das ganze Spiel von den original Assets (.png/.psd/.sng/.ins/etc.) direkt mit einem komplett vollständigen Dependency-Baum bauen.
Da SCons auch die Inhalte hasht anstatt nur auf die Filesystem Mod-time zu schauen, ist das Resultat immer korrekt und bei Änderungen immer in Minimal-Zeit fertig, und man kann das auch verlässlich auf allen Cores parallel laufen lassen.
Mit make wäre ich bei Sonic wohl verrückt geworden (141 Source Files, 149 Asset Files, 44000 Zeilen Code).
SCons ist nur eines von vielen System, schau dich mal um was dir am Besten zusagt...