Kann es sein das, da an CN15 alle Pins mit 12V gleichzeitig angesteuert werden (fast, bis auf Pin4, da habe ich nur 10V gemessen), er daher nicht dreht und deshalb der Strom für die LED zusammenbricht?
Nein, angesteuert werden die nicht mit 12 V.
Der 2003 ist ein Transistor-Array, das nach GND schaltet - was ja auch logisch ist, weil die 12 V ja schon fix auf den Stecker gehen. Wenn also die Pins angesteuert werden, muss da irgendwas knapp oberhalb 0 V anliegen.
Wenn du aber an allen Pins 12 V misst bedeutet das nur, dass der 2003 keinen der Ausgänge auf GND geschaltet hat -> du misst die 12 V "durch die Stepperwicklung hindurch" vom 12 V-Anschluss.
Mit dem Multimeter wirst du aber sowieso nur schlecht was messen können, weil wenn ich das richtig verstehe sind die Impulse, die auf den Stepper gehen nur sehr kurz.
Es kann natürlich sein, dass z. B. der 2003 fritte ist.