Eine Sache welche dieser Problematik hier ähnlich ist und die mir gerade noch einfällt, ist folgende. Vielleicht auch für dich interessant, JPK64?
Es gibt ein paar Spiele, die es nicht vertragen, wenn Sachen doppelt belegt sind und die dann Probleme machen. Ein Beispiel dafür ist das Spiel "Jake the Snake", welches sich normalerweise nur über die Tastatur steuern lässt. Im Denise (und auch im HOXS) kann man die dafür nötigen Keyboard-Tasten aber natürlich auch auf einen Controller mappen und es dann auf diese Art steuern.
Man muss aber in beiden Emulatoren beachten, dass man die normale Joysticksteuerung dann deaktiviert, sonst macht dieses Spiel Probleme. Im HOXS hatte ich das damals zuerst festgestellt, dass da manche Software sonst allergisch reagiert und die Steuerung dann überhaupt nicht mehr geht. Im Denise geht das Deaktivieren mit nur einem Knopfdruck, indem man einfach im "Joypad" Menue des betreffenden Controllers, oben rechts in der Ecke, den "Joyport" komplett abschaltet. Dann gibt es bei derart Spielen kein Problem mehr. Man kann alternativ im Denise auch die Felder "Oben/Unten/Links/Rechts/Taste" im entsprechenden Joypad-Menue leeren, aber das ist aufwändiger als der andere Weg. Im HOXS geht es übrigens auf die Art, dass man im "Joystick" Menue die Felder Vertical-Axis, Horizontal-Axis und Firebutton leert. Das bewirkt dann das Gleiche, wie im Denise den Port abzuschalten oder die weiter oben genannten Felder zu leeren.