Hm, der Recom-Schaltregler ist lt. Berichten und Datenblatt mit +/- 5% ein stabiles Teil. Spannungsschwankungen halte ich daher für wenig wahrscheinlich.
"Ripple" bedeutet (wenn ich Wiki richtig verstanden habe) im Elektronikbereich unter anderem eine unzureichende Glättung. Da der Schaltregler mit Gleichspannung "gefüttert" wird und seine 5 V +/- 5% abgibt, muß der Ripple-Effekt vorher entstehen, nämlich schon im Netzteil.
Ich verdächtige daher das Netzteil, daß das eine so stark pulsierende Gleichspannung liefert, daß die vom Recon gelieferten 5 V für den FPGA-Chip zu "unsauber" sind und er den Dienst verweigert.
Bei manchen Billig-Netzgeräten kennt man den Effekt, wenn man damit ein Radio betreibt: man hört die Netzfrequenz deutlich raus.