bup ist quasi dafür gemacht:
ZitatVery efficient backup system based on the git packfile format, providing fast incremental saves and global deduplication (among and within files, including virtual machine images).
Soll heißen, man kann damit wie mit dd eine sektorweise exakte Kopie von Partitionen anlegen, anders als dd komprimiert bup aber und unterstützt inkrementelle Aktualisierungen.
Dateiweises Backup einer Windows-Partition von Linux aus würde ich nicht machen. Wer weiß, ob dann alle Windows-Benutzerrechte und weiteren Metadaten richtig gesichert werden, und erwartet nicht auch der Windows-Bootloader manche Dateien immer noch an bestimmten Sektornummern?