Bei mir laufen alle PAL Emulatoren in 50Hz. Eine Monitor.inf installiere ich nicht. Ist bei HDMI auch nicht wirklich notwendig. Wird als Plug&Play Monitor erkannt und erkennt auch alle machbaren Auflösungen und Wiederholraten automatisch. DVI und VGA sind da viel problematischer. Vielleicht beißt sich dein Grafikkartentreiber mit der DVI-HDMI Verbindung zum Monitor. Hast du keinen echten HDMI Ausgang an der Grafikkarte? Ansonsten mal die Monitor.inf wieder rausnehmen und schauen was per Plug&Plug Erkennung passiert.
Falls doch eine der aktuellen SVNs besser laufen sollte liegt es u. U. daran, mit welchem Programm die Emulator Source kompiliert wurde.