zu 1. Nein, der Rasterstrahl läuft durch, du kannst nur reagieren, nicht kontrollieren
zu 2. und 3. Nur ein IRQ kann zu einer Zeit bedient werden, Es ist Aufgabe des Handlers festzustellen wer der Auslöser des IRQs war und dessen Handling entsprechend zu schedulen und natürlich auch wieder rechtzeitig rti zu machen damit das eigene Programm bzw. dessen IRQs sinnvoll weiterlaufen können.
Aber ganz ehrlich, ich glaube du gehst die Sache mit ein paar Knoten zuviel im Kopf an. Wenn du das Basic-Programm verstanden hast, dann bau daraus mal eine Assembler-Version. Wenn das tut, dann versuch mal die Schleife zu einem RasterIRQ-Handler umzuschreiben.