So ganz 100% hab ichs noch nicht rekonstruiert.
Nur so eine Idee: Kommt es vielleicht zu einem Fehler, wenn Du die Änderungen vor Beenden des Debugging speicherst, der Fehler tritt nicht auf, wenn Du nach dem Beenden des Debugger speicherst?
Ich habe mir das Innenleben von C64 Studio nicht angesehen, könnte mir aber vorstellen, dass es zu dem Effekt kommt, dass Deine Änderungen wieder mit dem alten Code überschrieben werden.