Auto-Update macht nicht wirklich ein Update, der fragt nur die aktuelle Version ab. Das sieht man dann unten in der Statusleiste eine Meldung, ob es aktuell ist.
Die einzelne Diskette speichert das aktuelle Dokument/Fenster, wenn es Änderungen gibt.
Save all bzw. der Diskettenstapel speichert alle geänderten Dokumente.
Beim Bauen eines Projektes wird alles auch automatisch gespeichert.
-> Hast du evtl. die Editoren unter Window benutzt? Das sind so Einmal-Editoren, die werden nicht automatisch gespeichert. Richtige Projekt-Bestandteile bzw. Dateien werden richtig gespeichert.
Ist aber eine gute Idee, ich sollte die "eingebauten" Editoren auch abspeichern. Nehme ich direkt mit auf!
In der Regel arbeite ich mit einem Projekt, da kann man dann eine beliebige Anzahl an Charsets/Sprites/etc. einbinden, die werden dann auch ordentlich automatisch gespeichert.
Als Tip: Wenn du ein Assembler-Projekt machst, kannst du statt !bin auch !media verwenden, dann entfällt das manuelle exportieren aus den Projekten.