Ich habe den PC Engine-Core sowohl mit einem Logitech- als auch mit einem No-Name NES-Clone-Joypad getestet, beides ohne Probleme. Mit einer neuen Firmware kannst Du sogar die Tasten mappen (mittels INI-Datei), so daß noch mehr Joypads laufen sollten.
Was läuft denn nicht mit Deinem PSX-Adapter? Probier auf jeden Fall mal sowohl alle Tasten aus als auch den Analog-Stick. Vielleicht ist hier ja nur das Mapping falsch (was Du mit der INI-Datei ja alles beheben kannst).