Das ist das Ergebnis
Ich würde mal sagen, es verdichtet sich doch arg auf die schon mehrfach vermutete Kommunikation zwischen SD-Karte und Controller. Letzterer könnte zwar teildefekt sein und ausgerechnet die Ports, die mit der SD-Karte zu tun haben, sind beschädigt, aber das ist eher unwahrscheinlich. Das könnte man herausfinden, wenn man den 1284 in ein anderes SD2IEC einsetzt. Ich nehme aber mal an, deine anderen SD2IEC sind nicht mit einem DIP40 Controller bestückt?
In jedem Fall könnte man relativ leicht die Verbbindungen vom SD-Karten-Slot zum Kontroller bzw. der IC-Fassung überprüfen. Da ich kein Foto von der Unterseite finde, auf der Oberseite aber einen 3.3V-Regler sehe/ahne, gehe ich weiter davon aus, dass die Pegelwandlung mit Mosfets oder einem IC geschieht und welches davon auch immer auf der Unterseite montiert ist. Wenn du also ein Foto von der Unerseite machen könntest, müsste man die entsprechenden Messpunkte herausfinden können. Es kann natürlich auch die Pegelwandlung selbst defekt sein. Transistoren sind ja auch nur Menschen....