Als Eier legende Wollmilchsau nutzte ich seit vielen Jahren dafür den TS-Doctor. (jetzt allerdings nicht mehr, ausschließlich aus Zeitgründen)
computerbild / heise / youtube / cypheros
Ich habe davon die gekaufte Voll-Lizenz. Das funktioniert sehr gut. Nach gründlicher Bereinigung von ungewollten Abschnitten, unnötigen Spuren und anderen Informationen setzte ich zum Recodieren immer Handbrake unter Verwendung von x264/ac3 mit handoptimierten Parametern ein. Der letzte Schritt ist bei Bedarf "Subtitle Edit" für ein fehlerfreies SRT und MkvToolnix fürs endgültige Muxen.