Der Flashspeicher in den Microcontrollern ist mindestens 10.000 mal beschreibbar. Da sehe ich kein Problem. Wenn man will kann man auch noch die genutzten Speicherbereiche zyklisch wechseln. Da kann man schon lange reinschreiben bis der Flash aufgibt.
Schon... aber Flash ist wie ein EPROM, die Daten werden via in Floating Gates gefangenen Elektronen gespeichert und die bleiben da nicht ewig drin, kein Isolator ist perfekt.
Wenn du also einmal deine Firmware reinschreibst und dann nie wieder anfasst, weil es keine Updates gibt, ist sie irgendwann weg und deine Schaltung funktioniert nicht mehr.
Ich hätte mit Sicherheit lieber eine Platine gemacht.
Kannst du ja tun, die Schaltung ist eher einfach, kaum TTLs.