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Du kannst z.B. mit Dirmaster Dateien in ein D64 Image schieben.
Für CP/M-Software brauchst du ctools. Die sind inzwischen recht antik, aber tokra hat mal Windows-Binaries gebaut, siehe hier:
Vielleicht antwortet noch jemand genauer, aber ich antworte einmal schnell: Ich hab auf meinem Windows PC eine GUI4CBMWIN, und keine Ahnung mehr, wo ich die her habe (das hat mehr mit meinem Phänomenalen Gedächtnis zu tun als mit dem hiermit sehr bedankten Urheber!), und damit kann ich die Dinger beschreiben. Aber das verwende ich eher mit der ZoomFloppy. Auch TotalCommander kann das, glaube ich, mit einem Plugin.
Alternativ mache ich folgendes: Ich mache einen VICE-Emulator auf, stelle z.B. Device 8 per Settings->Drive Settings->Device Type auf "file system access", da werd ich dann um das Directory gefragt, das suche ich aus.
Dann gehe ich auf File->create and attach an empty disk (oder du attachest eine, die schon existiert, je nach Bedarf).
Dann attache ich ein weiteres Image mit einem Kopierprogramm meiner Wahl (Device 10 wäre die logische Fortsetzung) und kopiere von 8 auf 9.
So, das ist alles, was mir auf die Schnelle einfällt. Ich vermute, es kommen noch bessere Antworten nach. 
Update: Ich sehe grade, zwei bessere Antworten waren schon VOR mir fertig. 
Wenn es um den C128 geht, geht auch der Big Blue Reader 128.
Droid64 von fieseWolf. Ist ein Java-Tool und funktioniert somit auf unterschiedlichen Betriebssystemen.
He, geil, danke für den Tip!!!
wurde ARC64 schon genannt ?
https://csdb.dk/release/?id=142396
Für TotalCommander gibts ein Plugin, da kann man D64 wie normale Vertzeichnisse benutzen. Allerdings kann man keine neuen D64 erzeugen, also am besten ein leeres als Template vorhalten und bei Bedarf kopieren.
Tschuldigung, es liegt mir ja fern, die freundlichen Hinweise irgendwie madig zu machen, ist ja dankenswerterweise alles gut gemeint, aber es wäre schon hilfreich, wenn sich überhaupt erstmal klar gemacht wird, was der OT fragt und was sein Problem ist (CP/M-Software in ein Disk Image schreiben, also im CP/M-Format). Auch wenn er fachlich schon den Eindruck macht, dass er damit ganz gut klarkommen wird ohne sich verwirren zu lassen: DroiD64 kann CP/M nur lesen (gleiches gilt nebenbei für Peter Dassows GUI-Tool, das seit ewig nicht mehr entwickelt wird), DirMaster, ARC64 und TC-Plugins können garkein CP/M. Da gibt's zum Schreiben mit externen Mitteln eigentlich nur ctools.
Die manpages sind im ./doc Unterverzeichnis. Die ctools sind natürlich Kommandozeilenwerkzeuge. Du brauchst hauptsächlich cformat.exe und ctools.exe, die du am besten in ein Pfadverzeichnis platzierst. Mit Parameter --help bzw. -h aufgerufen sind die Befehle weitgehend selbsterklärend. Mit cformat erstellst du ein passend formatiertes Disk Image, mit ctools kannst du Dateien rein und raus bewegen, Verzeichnis anzeigen lassen, usw. Also z.B.:
cformat -1 meinimage.d64
...erstellt ein einseitiges für den C128 CP/M-formatiertes Image.
(Parameter -0 wäre für CP/M V2 der C64-CP/M-Cartridge, Parameter -2 wäre für ein zweiseitiges C128-Image, also .d71 statt .d64)
ctools meinimage.d64 p datei.com
...schreibt ("p" für ctools-Befehl "put") die Datei "datei.com" in das gerade erstellte Image.
ctools meinimage.d64 d
...zeigt das (CP/M-)Directory für das Image an.
ctools meinimage.d64 e datei.com
...löscht ("e" für ctools-Befehl "erase") die Datei "datei.com" im Image.
Et cetera. Wie gesagt, einfach mal "cformat -h" und "ctools -h" aufrufen.
