hi ebster,
sämtliche einstellungen werden in der datei c64.cfg im ccs64-verzeichnis gespeichert.
schau erstmal nach, ob diese datei versehentlich schreibgeschützt ist- in dem fall speichert der ccs64 ja keine änderungen ab.
andersherum könntest du die config-datei auch manuell auf schreibgeschützt setzen, nachdem du den gameport wie gewünscht gesetzt hast. dann kann der ccs64 nix mehr umschreiben.
benutzt du eventuell usb-joysticks, die vor start des ccs64 noch nicht eingestöpselt waren?